遠い未来、宇宙に進出した人類は「人類銀河同盟」を結成し、宇宙生命体「ヒディアーズ」と争いを続けていた。人類銀河同盟の少尉レドは、ワームホールを使って作戦宙域から撤退する際にヒディアーズに襲われ、乗機「チェインバー」と共に転移事故に巻き込まれてしまう。半年後、チェインバーの中で冷凍睡眠から覚めたレドは、未知の言語を話す人々に囲まれていた。近くにいた少女エイミーを人質にして脱出したレドは、果てしなく広がる海を目にする。そして、チェインバーの解析により、ここが氷河期の到来によって滅んだはずの人類の故郷・地球であることを知る。海水面上昇により陸地のほとんどが海に沈んだ今は、レドを引き揚げた「ガルガンティア船団」をはじめとする船の上で人々は生活していた。レドは友軍と合流する方法を探るためにガルガンティア船団補佐のリジット達と交渉を続けるが、その最中に船団の一員ベローズが海賊に襲われているという連絡が入る。エイミーに助けを求められたレドは交渉材料になると判断して海賊団を殲滅させるが、その際に海賊全員を敵と見なして殺害したため、女海賊ラケージ率いる海賊団による報復を呼び込み、事態は悪化する。ベローズからガルガンティア船団の生き方を学んだレドは、ラケージ海賊団を誰も殺さず撃退することに成功し、船団に受け入れられる。宇宙へ戻る方法がわかるまでの間、エイミーの弟ベベルや医師のオルダム達と交流するうちに、兵士として生きてきたレドの中では変化が生じ始める。同じく母艦との相互リンクが途切れたことにより、チェインバーも人知れず変化してゆく。レドはベローズやピニオンに誘われてサルベージを手伝うことになるが、その仕事中に人々が神聖視しているクジライカと遭遇する。クジライカがヒディアーズと同種だと知ったレドは、クジライカを殺害する。そのためにガルガンティア船団には動揺が広がり、彼らの「共存共栄」の精神が理解できないレドと船団の人々の間に溝が生まれる。この事件の最中にフェアロック船団長が死去し、リジットが新船団長となるが、ピニオンはフランジ大船主と共に船団を離れることを決意する。観測の結果、本隊との合流が事実上不可能と知ったレドは改めて自分の使命をヒディアーズの抹殺と認識し、引き留めようとするエイミーに別れを告げ、クジライカの巣に宝があると信じるピニオンやフランジ達と共に船団を離れる。クジライカの巣である旧文明時代の遺跡へ向かったレドとチェインバーは、襲いかかってくるクジライカの群れを殲滅すると、巣の中に大昔の記録媒体を発見する。そこには氷河期の到来を知った人類が、新たな惑星への移民を目指す「コンチネンタル・ユニオン」と、極限環境に遺伝子操作とナノマシンにより適応しようとする自発的進化推進派「イボルバー」の2つの勢力に別れ、戦争を行った記録が残されていた。ここでヒディアーズの正体が、遺伝子操作によって誕生した人類のもう1つの姿であるという事実が明かされる。旧文明の遺産を手に入れたピニオンは、修復した兵器を利用して自分の船団の拡大を目論む。一方、事実を知ったレドは激しく狼狽して戦いを拒絶するようになるが、文明と知性を捨てたヒディアーズは、文明を築き知性を持つ人類とは相容れない存在であり、人類の尊厳を懸けて戦わなければならないことをチェインバーは淡々と説明する。それと同時刻、地球に到着していたレドの上官の中佐クーゲルとその乗機「ストライカー」、そして彼率いる船団がレド達の前に現れる。ラケージ達も所属するクーゲル船団では、クーゲルとストライカーを頂点とした宗教的な支配体制が築かれていた。レドはクーゲルとの再会を喜ぶが、彼がピニオンの船団も吸収して人々を力によって支配し、ヒディアーズ殲滅を最優先とする人類銀河同盟の思想を実現するため、全ての地球人類を貢献させようという意義に疑念を抱く。滞在中、生気のない人々の姿や弱者を切り捨てるクーゲル船団の実態を見て更に疑念を深め、ガルガンティア船団も標的に加えられたことを知ったレドの中でその思いは決定的なものとなり、クーゲルとの戦いを決意する。クーデターを起こしたラケージとピニオンの援護によって、レドはストライカーの動きを封じることに成功するが、クーゲルは既に死亡しており、ストライカーがクーゲル船団を支配していたことが明らかとなる。人類支援啓蒙レギュレーションシステム「神」を自称し、考えることを放棄して服従せよと誘うストライカーに対し、レドとチェインバーはストライカーを地球に有るべきでないものとして破壊するため、再び戦いを繰り広げる。その死闘中、エイミーを想い涙するレドを見たチェインバーは彼の人間的成長を知ってコックピットを分離させると、レドが生きて成果を得ることが自らの存在意義を充足すると告げ、ストライカーと共に散った。そして遺跡は、ガルガンティア船団の秘密兵器であるマスドライバーキャノン「天の梯子」によって海に沈んだ。物語は、クジライカとの共存の道を選び彼らの巣から遺産を回収する探検家となったレドと、平和が戻ったガルガンディア船団で彼を支えるエイミー、そして海底でクジライカの巣礁となったチェインバーの姿を映し、幕を閉じる。
三途河 ワタルxProduction I.G-翠星のガルガンティア 全3巻 (RAR/348MB) ...
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